Не менее напряженно развивалась работа по делимитации казахстанско-узбекской границы. В феврале 2000 года в Ташкенте состоялся первый раунд переговоров представителей двух стран по делимитации казахстанско-узбекской границы, в ходе которого был определен набор картографического и топографического материала, а также согласована методика проведения работ по делимитации. В марте 2000 года в Ташкенте топографы двух стран согласовали масштабы и перечень карт и определили участки, нуждавшиеся в дополнительном топографическом материале.
Необходимо отметить, что между Казахстаном и Узбекистаном имелась только административная граница, существовавшая со времен Советского Союза. Ее прохождение было закреплено в соответствующих документах Верховных Советов СССР, Казахской ССР и Узбекской ССР. Данные положения и легли в основу принципа определения делимитационных работ казахстанско-узбекской границы, заключавшегося в том, что некоторые участки этой границы оказались «размытыми» в результате возникновения новых населенных пунктов, хозяйственной деятельности в приграничных районах, строительства железных и автомобильных дорог.
Наиболее сложными являлись участки, изменения по которым проходили в соответствии с договоренностями между местными органами власти (обмены земельными участками под сельскохозяйственные угодья, возведение хозяйственных построек и т. д.). Решения по ним не были законодательно санкционированы и закреплены высшими законодательными органами в установленном порядке.
В 2000 году на казахстанско-узбекской границе имел место ряд инцидентов, наиболее крупным из которых была попытка узбекских должностных лиц в январе 2000 года осуществить одностороннюю демаркацию казахстанско-узбекской границы на казахстанской территории в районе села Багыс Сарыагашского района Южно-Казахстанской области. Некоторые казахстанские политики и ряд СМИ попытались в популистских целях раздуть пограничные инциденты и придать им этническую или политическую окраску.
13 декабря 2000 года в своем интервью агентству «Хабар» Президент РК Н. Назарбаев подверг резкой критике провокационные высказывания безответственных лиц, пытавшихся заработать политический капитал на разжигании межнациональных конфликтов. Глава Казахстана заявил, что не надо преувеличивать значения конфликтов на бытовой почве в приграничье. Наоборот, необходимо укреплять межгосударственные связи и доверие между народами Центральной Азии [9].
Такая четкая и ясная позиция не могла не отразиться на состоянии переговорного процесса. 16 марта 2001 года, во время телефонного разговора, президенты двух стран — Н. Назарбаев и И. Каримов — подтвердили взаимную заинтересованность в завершении в кратчайшие сроки процесса делимитации казахстанско-узбекской границы и достигли договоренности о подписании соответствующего двустороннего договора в течение 2001 года. 16-17 ноября 2001 года, в ходе официального визита Президента Республики Узбекистан И. Каримова в Республику Казахстан, Договор о делимитации казахстанско-узбекской границы был подписан.
В настоящее время осуществляется второй этап юридического оформления казахстанско-узбекской границы — ее демаркация. В этих целях создана межправительственная комиссия по демаркации казахстанско-узбекской границы. Обозначением границы на местности занимаются три демаркационные группы, в состав которых входят картографы, топографы, землеустроители и геодезисты двух государств. Предполагается, что в ходе демаркации будет установлено свыше 1,5 тыс. пограничных столбов, 890 из них будет установлено в Южно-Казахстанской области РК.