Начало строительству светского государства в суверенном Казахстане было положено в январе 1992 г. Реформы в области государственной политики в сфере свободы совести не обособлены от общеполитических процессов, а являются их следствием — это касается и принимаемых основополагающих нормативных правовых актов по проблемам свободы мысли, совести, религии и убеждений. Такой подход дает возможность условно выделить несколько периодов (этапов) в развитии политики Республики Казахстан в сфере свободы совести:
1.1992 — 2005 гг. (декабрь);
2. 2005 — 2011 гг. (октябрь)
3. С 2011 г.
Каждый из этих этапов имеет свои характерные особенности. Первый период — это время, когда на «руинах» СССР нарождались национально-государственные модели политики в сфере свободы совести, где государство четко отделено от других сфер деятельности, в том числе, и от Церкви (концепция секулярного государства); религия считается частным делом каждого гражданина, что нашло отражение как в Конституции Республики Казахстан, так и в Законе РК «О свободе вероисповедания и религиозных объединениях» (1992). Государство в этот период исправляло ошибки и «отдавало долги» атеистического прошлого — ранее отобранные здания, имущество, помогало в восстановлении разрушенного, давало льготы религиозным организациям.
Однако, начиная с конца 1990-х- начала 2000-х гг. наблюдается кризис, когда практически отсутствовавший контроль со стороны государства (по крайней мере, до 2005 г.) привел к тому что религиозные организации начинают умножаться и бурно развиваться. Ситуация, в известной степени пущенная на самотек, привела к необходимости создания к середине 2000-х гг. Комитета по делам религий при Министерстве юстиции Республики Казахстан
Второй период (2005-2011 гг.) характерен тем, что при сохранении демократических институтов наблюдается разворот от чисто рыночных стратегий к государственному регулированию всех сфер общественной жизни. К экономической эффективности, по-прежнему остающейся критерием полезности, государство добавляет геополитические устремления, стремясь поддерживать отношения с влиятельными религиозными объединениями ради сохранения стабильности социально-политического строя и воспроизводства в стране атмосферы межконфессионального согласия.
С этого времени, с расширением влияния религии на различные аспекты социально-политической жизни в Республике Казахстан, все большее значение в комплексе причин и условий, детерминирующих рост политического экстремизма, приобретает религиозный фактор. Имея как позитивную, так и негативную направленность, религиозный фактор способствует формированию и возникновению политического экстремизма и терроризма на религиозной основе, в результате чего создается угроза безопасности Казахстана.
В целях противодействия усилившимся тенденциям деятельности религиозно-экстремистских организаций (Исламское движение Узбекистана, Хизб-ут-Тахрир, Исламское движение Восточного Туркестана и др.) 18 февраля 2005 г. был принят Закон Республики Казахстан «О противодействии экстремизму». Согласно этому закону: «экстремизм — насильственное изменение конституционного строя, нарушение суверенитета Республики Казахстан, целостности, неприкосновенности и не отчуждаемости ее территории, подрыв национальной безопасности и обороноспособности государства, насильственный захват власти или насильственное удержание власти, создание, руководство и участие в незаконном военизированном формировании, организация вооруженного мятежа и участие в нем, разжигание социальной, сословной розни (политический экстремизм)».
В конце ноября 2008 г. мажилис одобрил поправки в законодательство по вопросам вероисповедания и религиозных объединений. В основном, поправки были внесены в Кодекс об административных правонарушениях — в части привлечения к ответственности физических лиц за нарушения законодательства о свободе вероисповедания и религиозных объединениях, а также в Закон «О свободе вероисповедания и религиозных объединениях» — в части конкретизации предмета ретуширования данного закона, образования центральных религиозных объединений.
Оба периода в целом объединяет общий вектор изменений — от советского индустриального к постиндустриальному обществу вписанному в глобальное мировое сообщество. Начало XXI в. характеризуется очевидным диссонансом в оценках общей ситуации в религиозном вопросе между официальной властью и гражданским обществом Казахстана. Если в оценках первой преобладает позитивный акцент, то второе настроено более сдержанно, и даже более того — все отчетливее звучат нотки недовольства и сомнения в отношении ооще-го курса светского государства в сфере свободы совести.
Государственно-конфессиональные отношения имеют как положительные, так и отрицательные формы проявления. Так, крупные, так называемые «традиционные» конфессии, являются, прежде всего, коллективными идентичностями, объясняющими, чем мы отличаемся от всего остального мира, а также, в определенной мере, и идеологией. Наличие таких ориентиров необходимо в отсутствие позитивной государственной идеологии и консолидирующей культуры, как в случае постсоветского Казахстана. В этом смысле роль «традиционных» религиозных объединений является положительной.
С созданием Агентства по делам религий и принятием Закона «О религиозной деятельности и религиозных объединениях» (11 октября 2011 г.) положено начало новому, третьему этапу формирования казахстанской политики в сфере свободы совести. Закон сдвинулся в сторону формы «культурного сотрудничества», рождающей «симфонический» характер государственно-церковных отношений. Диссонанс светской формы и конфессионального содержания и является той причиной и обстоятельством, которые объясняют источник обострения государственно-конфессиональных отношений в период обсуждения и принятия, а также рост в последующем недовольства определенных групп принятым законом.
Сегодня в Казахстане ислам ханафитского мазхаба и русское православие являются культурообразующими религиями. Казахстанский опыт созидания межрелигиозного согласия и национального единства дает пример многим государствам. В основе этого опыта — многовековое сосуществование ислама и православия и желание верующих отстоять традиционные ценности перед лицом неверия и секулярного мира. Во многом благодаря этому в современном Казахстане сформирована и продолжает совершенствоваться модель государственно-конфессиональных отношений, сочетающая приверженность свободе вероисповедания с заботой о сохранении конфессионального мира. На казахстанской земле возводятся новые мечети и храмы, открываются монастыри и духовные школы.
Однако Казахстану не избежать преобразований в рамках обеспечения свободы мысли, совести, религий и убеждений. Ситуация такова, что это является насущной необходимостью, опирающейся на объективные и субъективные факторы развития казахстанского общества. В связи с этим, важно критически отнестись к состоявшемуся опыту (положительному и отрицательному) прошедших периодов — с тем, чтобы Казахстан поступательно продвигался навстречу системе современных принципов и норм в этой сфере.
В современном Казахстане общественно-политическая деятельность представителей традиционных религий (ислам, православие, католицизм, протестантизм) связана с сохранением этнического самосознания, традиций и ценностей населяющих ее народов, с неприятием ныне пропагандируемых идеалов общества потребления, индивидуалистических, сугубо унитарных, прагматических ориентации. Люди все чаще идут в церкви и мечети, молитвенные дома, которые стремятся открыться для всякого, кто начинает испытывать религиозную потребность.
На 31 декабря 2011 г., согласно данным Агентства по делам религий РК, общая численность религиозных объединений в республике составляет 4551, а в 1990 г. их было всего 670. Количество Исламских объединений выросло с 46 до 2815, приходов Русской Православной Церкви — с 62 до 306. Почти в три раза увеличилось число объединений Римско-католической церкви (с 42 до 118). Число протестантских церквей — как традиционных, так и новых — увеличилось почти до 1300. Кроме них, существуют еще и иуд ейские, буддистские религиозные объединения (25 и 4, соответственно). Религиозные объединения имеют в своем распоряжении около 3200 культовых сооружений, выпускают около 40 периодических печатных изданий.