Начавшаяся в СССР в середине 1980-х годов перестройка не оправдала возложенных на нее огромных надежд. К концу 1980-х годов кризисные явления в экономике продолжали стремительно шириться. Подобно снежному кому нарастал и целый ряд других трудноразрешимых проблем, связанных с противоречиями между союзным центром и республиками, углублявшимся идеологическим кризисом КПСС, обострением межэтнических отношений, ростом социальной напряженности в обществе.
В этой сложной и противоречивой на пороге независимости обстановке Н.А.Назарбаев, избранный 22 июня 1989 года первым секретарем ЦК Компартии Казахстана, как первый руководитель республики сконцентрировался на решении главных узловых проблем, стоявших тогда на повестке дня: реализации программы радикальных экономических реформ, четком разделении полномочий между союзным центром и республикой, укреплении социальной стабильности и межэтнического согласия. Резкий спад экономики, развал хозяйственных связей между регионами Союза, сохранение чудовищных диспропорций в организации производства и распределении между ними на фоне непоследовательных действий союзного центра не могли остановить набиравший обороты хаос, который грозил полным обнищанием населения, товарным и продовольственным дефицитом. При этом положение Казахстана усугублялось еще и тем, что в структуре народнохозяйственного комплекса СССР ему была отведена сырьевая роль. Выступая на встрече с представителями творческой и научной интеллигенции, состоявшейся 27 июня 1989 года, Н.А.Назарбаев по этому поводу сказал следующее: «В республике сложилась неэффективная структура общественного производства. Например, доля промышленности ниже, чем в среднем по Союзу. Вдобавок, внутри самой индустрии сложился перекос в пользу тяжелой промышленности и в ущерб производству товаров народного потребления, которых мы ежегодно завозим в пределах 40-60 /о от потребности. А ведь они-то как раз весьма доходоемкие. К сложившемуся дисбалансу нас вели сознательно, такая была экономическая политика. Нам внушали: «Дело Казахстана — давать уголь, металл, нефть, хлеб, а то, что нужно народу — мы завезем вам из Прибалтики, Белоруссии и т.д.». Как следствие, республика вывозила почти половину производимого зерна, 1/3 мяса, более 90% сырой нефти, 3/4 угля и руд черных металлов, 2/3 цветных металлов и сплавов, реализуя все это по неоправданно заниженным ценам. В то же время Казахстан вынужден был завозить до 95 /0 оборудования для легкой промышленности и железнодорожного транспорта, 2/3 металлорежущих станков, 45 /о изделий ив трикотажа и хлопчатобумажных тканей, полностью автомобили, сельхозтехнику, бытовую технику, большую часть товаров народного потребления. В итоге, вследствие неэквивалентного обмена Казахстан был поставлен в унизительное положение дотационной республики. В сложившихся кризисных условиях Н.А.Назарбаев принимал решительные меры по стабилизации производства, преодолению сырьевой направленности экономики республики, укреплению горизонтальных вутрисоюзных экономических связей, сохранению единого экономического пространства. Одновременно в республике широко велась работа по внедрению рыночных механизмов хозяйствования. Именно в этот период был принят целый ряд важных законов, предусматривавших создание правовой основы рыночных отношений. Это законы «О собственности», «О занятости», «Об основных принципах внешнеэкономической деятельности», «Об иностранных инвестициях», «О свободных экономических зонах» и др. Однако в условиях, когда сохранялся тотальный диктат центра, не желавшего иногда даже вопреки здравому смыслу, идти на какие-либо уступки союзным республикам, без четкого разграничения полномочий между ними все начинания в реформировании экономики, по сути, были обречены если не на провал, то на длительную пробуксовку. Это обстоятельство во многом и обусловило остроту развернувшейся в Советском Союзе дискуссии вокруг проекта нового Союзного договора. Этой первостепенной теме были посвящены почти все выступления Н.А.Назарбаева того периода, в том числе на II сессии Верховного Совета Казахской ССР двенадцатого созыва «О проекте нового Союзного договора», IV съезде народных депутатов СССР, внеочередной III сессии Верховного Совета Казахской ССР двенадцатого созыва, собрании республиканского актива с участием Президента СССР М.С.Горбачева, IV Пленуме ЦК Компартии Казахстана «О позиции ЦК Компартии Казахстана к проекту Союзного договора» и др, Н.А.Назарбаев неоднократно подчеркивал, что скорейшее подписание Союзного договора — не самоцель, а первостепенное условие для развязывания многочисленных проблем, прежде всего экономических. Ведь именно по вине союзного центра и союзных ведомств на территории Казахстана возникли многочисленные очаги экологического бедствия, крупнейшие из которых — Арал и зона Семипалатинского ядерного полигона. Причина — безответственное, а где — то и преступное отношение центральных министерств и ведомств, в прямом подчинении которых находилось до 90 /о промышленных предприятий Казахстана. Естественно, что в данном вопросе Н.А.Назарбаев столкнулся с активным и очень мощным противодействием со стороны союзной бюрократии в лице функционеров центрального партаппарата, руководителей ВПК, союзных министерств и ведомств и др. Но как прагматик он прекрасно отдавал себе отчет в том, что назад пути нет. Понимая цену вопроса, Н.А.Назарбаев инициировал в 1990 году ввиду затягивавшейся на уровне центра подготовки проекта Союзного договора разработку его казахстанского варианта. Ключевые идеи, заложенные в нем, были четко обозначены в Обращении к народу Казахстана «За единство и консолидацию», с которым Н.А.Назарбаев выступил по Казахскому телевидению 10 сентября 1990 года. «Мы начинаем строить жизнь на совершенно новой основе — Союзе суверенных государств. Суть его предельно ясна: республики получат исключительное право на владение, пользование и распоряжение всем национальным богатством, находящимся на их территории. Сюда входят земля, недра, воды, воздушное пространство и другие природные ресурсы, весь экономический и научно-технический потенциал, являющиеся материальной основой государственного суверенитета. Сам Союз основывается на началах добровольности, взаимном интересе и равноправном партнерстве республик. Разумеется, республики делегируют по своему усмотрению часть полномочий новым, созданным ими органам управления Союза. Имеются в виду те сферы деятельности, которые по своему характеру требуют единого в масштабах страны руководства: фундаментальные исследования, оборонные программы, единая энергетическая система, атомная энергетика, космические системы и т.п.».
Еще одним важнейшим вопросом, находившимся в поле пристального внимания Н.А.Назарбаева, были межэтнические отношения. Как известно, конец 1980-х годов ознаменовался бумом этнизма и небывалого подъема национального самосознания среди всех народов бывшего СССР. После десятилетий запретов люди открыто заговорили о насущных проблемах национального развития: нивелярующих последствиях общесоветской эрзац-культуры, утрате национальной самобытности, обычаев и традиций, угрозе исчезновения родных языков. Однако в Казахстане данный процесс протекал в непростой морально-психологической атмосфере, сложившейся после декабрьских событий 1986 года и последовавших затем репрессий в отношении казахского народа. В июле 1987 года Постановлением ЦК КПСС казахский народ был несправедливо и огульно обвинен в «казахском национализме», а в отношении ключевых местных кадров и всех тех, кто осмелился на инакомыслие, причем уже не только казахов, развернулась кампания дискредитации и интриг. Поэтому успешный ход дел в многонациональной республике был просто невозможен без восстановления доверия между его гражданами. Ключевым вопросом в сфере межэтнических отношений стал в тот период законопроект о языках. Н.А.Назарбаев принял самое активное участие в разработке и продвижении законопроекта как сторонник взвешенного, центристского подхода, уравнивавшего права всех сторон и не допускавшего предоставления привилегий ни одному из языков. Поэтому еще до начала парламентских дебатов в своем выступлении «Об организаторской и политической работе партийных комитетов республики в условиях углубления перестройки» от 18 августа 1989 года Н.А.Назарбаев так анонсировал законопроект: «Очень скоро в печати появится проект закона о языках, над которым длительное время работала большая группа ученых и специалистов, деятелей культуры республики. Не хочу давать исчерпывающих оценок этому документу — это дело всех казахстанцев, на суд которых он будет вынесен. Отмечу лишь, что правовая концепция проекта существенно отличается от концепций аналогичных законов, принятых в других республиках, именно в сторону усиления ее интернациональной сущности. Главным критерием, которым руководствовались авторы нового закона, была глубокая мысль о том, что истинное благополучие народа, давшего имя республике, не может быть достигнуто за счет ущемления прав и свобод людей других национальностей. Реальную защиту языка коренной нации широкая общественность вполне справедливо видит в радикальной мере — законодательном закреплении за ним статуса государственного. Но, предприняв этот шаг, таким же законодательным путем будет гарантировано и свободное развитие языков всех народов. При этом русский язык, как язык межнационального общения, будет достойно выполнять свои функции, как и прежде, за ним останется роль мощного интеллектуального потенциала каждого народа, каждого человека».
Благодаря взвешенному подходу принятый в сентябре 1989 года Закон Казахской ССР «О языках» в определенной степени снизил остроту межэтнических отношений и способствовал укреплению стабильности в республике. Н.А.Назарбаев постоянно подчеркивал, что подлинное возрождение казахской нации возможно лишь при одновременном всемерном национально — культурном развитии всех этносов, составляющих народ Казахстана. В результате в республике с 1989 года начали открываться национально — культурные центры — прообраз учрежденной в 1995 году Ассамблеи народа Казахстана. Давно прерванные связи со своей исторической родиной начали возобновлять многие этнические группы, в том числе когда-то насильственно сосланные в Казахстан немцы, корейцы, поляки, литовцы, крымские татары, турки-месхетинцы, вайнахи, карачаевцы и балкары, греки и др. Будучи естественным и исконным очагом казахского гена, Казахстан начал собирать разметанную по миру казахскую диаспору, центральной организацией которой станет учрежденная в 1992 году Всемирная ассоциация казахов.