Между отдельными государствами Средней Азии спорные территориально-пограничные проблемы не урегулированы до сих пор. Вследствие этого постоянно происходят конфликты на границах между Узбекистаном и Кыргызстаном, Узбекистаном и Таджикистаном, Кыргызстаном и Таджикистаном. Последствия таких конфликтов могут быть непредсказуемыми, тем более, что в Центральной Азии наблюдается активизация деятельности представителей международных террористических и экстремистских организаций, которые не прочь воспользоваться проблемами и социально-экономическими трудностями транзитного периода, переживаемыми странами региона.
Состояние территориально-пограничной проблематики в постсоветских республиках Средней Азии на момент обретения ими независимости характеризовалось следующими факторами:
— во-первых, ранее, в составе СССР, эти государства не имели реального суверенитета как во внутренних, так и во внешних делах и, соответственно, были практически отстранены от внешних контактов с приграничными странами;
— во-вторых, необходимость делимитации и демаркации государственных границ в Центральной Азии резко возросла в 1999 и 2000 годах, после нескольких попыток банд международных террористов и экстремистов проникнуть из Афганистана через Таджикистан на территории Кыргызстана и Узбекистана, в том числе, и для создания некоего халифата;
— в-третьих, необходимость скорейшей делимитации границ была обусловлена потребностью в резком усилении охраны государственных границ вследствие существенного роста подпольного наркооборота, масштабов нелегальной миграции людей, контрабанды оружия;
— в-четвертых, переговорный процесс по делимитации границ в Центральной Азии приобрел сложную и затяжную форму. На границах между Казахстаном и Узбекистаном, Узбекистаном и Кыргызстаном, Узбекистаном и Таджикистаном, Кыргызстаном и Таджикистаном в 90-х годах XX века имели место инциденты, преимущественно связанные с хозяйственной деятельностью жителей приграничных населенных пунктов.
Трудности, с которыми столкнулись государства Средней Азии в результате изменения геополитической ситуации, можно проиллюстрировать на примере Казахстана. Из 14 казахстанских областей 12 стали пограничными, причем 10 оказались таковыми впервые. Границы Казахстана с государствами СНГ до завершения процессов делимитации и демаркации де-юре носили административно-территориальный характер.
В условиях ослабления пограничного контроля внешние границы новых независимых государств Средней Азии оказались практически прозрачными и свободными для въезда лиц из других государств, не являющихся членами СНГ. Сложилась целая индустрия незаконной иммиграции с устоявшимися каналами переброски людей из Афганистана, Пакистана, государств Азиатско-Тихоокеанского региона, Ближнего и Среднего Востока в Таджикистан, Кыргызстан, оттуда — в Казахстан и далее в Россию, затем — в Европу При этом фальшивые паспорта изготавливались в Афганистане, а фальшивые визы — в Кыргызстане.
Ситуация, сложившаяся с «прозрачными границами», вызывала обеспокоенность и законное недовольство населения региона, поэтому для правительств среднеазиатских республик одной из неотложных задач явилось осуществление необходимых мероприятий по юридическому оформлению своих государственных границ. В то же время, необходимо было иметь в виду, что любая попытка решения возникших проблем без учета взаимных интересов может нарушить хрупкий стратегический баланс на постсоветском пространстве.