Для новых независимых республик Средней Азии особое значение имело урегулирование территориально-пограничных вопросов с Китайской Народной Республикой, которые, как известно, так и не были урегулированы за все время существования СССР. Основная причина заключалась в том, что Москва была не готова, да и не желала расставаться с планом территориального разграничения с цинским Китаем, осуществленным царской Россией с позиции силы еще в XIX веке. Советские власти отказывались признавать даже сам факт наличия пограничной проблемы. В то же время Пекин все в более острой форме ставил под сомнение подписанные договоры о китайско-советской границе и сложившуюся к этому времени линию ее прохождения.
В результате произошли вооруженные столкновения на советско-китайской границе — на острове Даманском (14-15 марта 1969 г.) на Дальнем Востоке и в районе озера Жаланашколь в Семипалатинской области Казахской ССР (13 августа 1969 г.), во время которых с обеих сторон имелись многочисленные человеческие жертвы.
Сразу после обретения независимости перед Казахстаном, Кыргызстаном и Таджикистаном встала дилемма: «замораживание» территориально-пограничного конфликта с Китаем, что чревато новыми кровавыми конфликтами на границе, или устранение потенциальных противоречий на границах с Китаем путем разрешения всех пограничных вопросов на основе полного взаимопонимания и с учетом взаимных интересов.
В этих условиях руководством Казахстана было принято решение провести с китайской стороной необходимые переговоры и, таким образом, перевести двусторонние отношения в русло добрососедства, взаимного доверия и сотрудничества.
В результате напряженных переговоров удалось согласовать все существовавшие на тот момент проблемы и уже 26 апреля 1994 года подписать Соглашение о казахстанско-китайской государственной границе, вступившее в силу 11 сентября 1995 года, после обмена ратификационными грамотами. В 1998 году в Алматы было подписано дополнительное соглашение, которым были окончательно урегулированы все пограничные вопросы между Казахстаном и Китаем. Согласно этому соглашению, из общей площади двух несогласованных участков (примерно 944 кв. км) Казахстану отошли 537 кв. км (57%), а Китаю — 407 кв. км (43%) [4].
Урегулирование территориально-пограничных вопросов с Китаем, завершившееся делимитацией и демаркацией казахстан-ско-китайской государственной границы, создало предпосылки для заключения между Казахстаном, Кыргызстаном, Россией, Таджикистаном и Китаем двух важных соглашений: об укреплении доверия в военной области в районе границы (г. Шанхай, 26 апреля 1996 г.) и о взаимном сокращении вооруженных сил в районе границы (г. Москва, 24 апреля 1997 г).
Эти соглашения способствовали укреплению безопасности, сохранению спокойствия, стабильности, дружбы и добрососедства в районе границ Казахстана, Кыргызстана, России и Таджикистана, с одной стороны, и, Китая, с другой. Заключительным шагом в этом направлении явилось создание международной организации — Шанхайской организации сотрудничества (г. Шанхай, 15 июня 2001 г.).
Доказательством правоты политики, направленной на скорейшее урегулирование территориально-пограничных проблем с Китаем, явилось подписание Россией и Китаем 14 октября 2004 года дополнительного соглашения о восточной части российско-китайской государственной границы. 20 мая 2005 года Государственная Дума Российской Федерации ратифицировала соглашение о делимитации спорных участков на российско-китайской границе.